Πέραν των διδασκομένων μαθημάτων, κάθε φοιτητής/τρια υποχρεούται να εκπονήσει μία Διπλωματική  Εργασία, το θέμα της οποίας επιλέγεται σε συνεργασία με τον/ην Επιβλέποντα/ουσα Καθηγητή/τρια. Η παρακολούθηση και εξέταση της Διπλωματικής Εργασίας γίνεται από τριμελή Εξεταστική επιτροπή. Το θέμα της εργασίας, όπως και η επιλογή των μελών της Εξεταστικής Επιτροπής εγκρίνεται από τη Συνέλευση του Τμήματος με βασικό κριτήριο τη συγγένεια του γνωστικού τους αντικειμένου με το πεδίο έρευνας του θέματος.

Η επιλογή του θέματος της Διπλωματικής Εργασίας γίνεται κατά τη διάρκεια του Γ΄ εξαμήνου σπουδών. Ωστόσο, κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής/τρια είναι ελεύθερος/η να ξεκινήσει ανεπίσημα τη διαδικασία νωρίτερα συνεργαζόμενος/η με εκείνον/η τον/ην διδάσκοντα/ουσα που οι γνώσεις και τα ενδιαφέροντά του πλησιάζουν περισσότερο το θέμα.

Η διαδικασία εκπόνησης της εργασίας ολοκληρώνεται με τη δημόσια παρουσίασή της ενώπιον των μελών της εξεταστικής επιτροπής αλλά και οποιουδήποτε έχει την επιθυμία να την παρακολουθήσει.

Η εκπόνηση της Διπλωματικής Εργασίας αποτελεί σημαντική ευκαιρία για τον/ην φοιτητή/τρια να εφαρμόσει τις γνώσεις που απόκτησε κατά τη διάρκεια του έτους και να παρουσιάσει μια ολοκληρωμένη εργασία. Για το λόγο αυτό το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα ενθαρρύνει τους φοιτητές/τριες να επιλέγουν επίκαιρα και ενδιαφέροντα θέματα που αφορούν συγκεκριμένες θεματικές. Ιδιαίτερα, ενθαρρύνει τους φοιτητές/τριες που εργάζονται να επιλέγουν θέματα που αφορούν την επιχείρηση ή τον οργανισμό που απασχολούνται.

Το σύνολο των ερευνητικών δραστηριοτήτων του Π.Μ.Σ., συμπεριλαμβανομένων των διπλωματικών και άλλων εργασιών, είναι πλήρως εναρμονισμένες με τις βασικές αρχές Ηθικής και Δεοντολογίας της Έρευνας, όπως αυτές αποτυπώνονται στον Κανονισμό Αρχών Και Λειτουργίας Της Επιτροπής Ηθικής Και Δεοντολογίας Της Έρευνας (Ε.Η.Δ.Ε.) του ΓΠΑ. Ο Κανονισμός Δεοντολογίας της Έρευνας του Π.Μ.Σ. εφαρμόζεται σε όλες τις ερευνητικές δραστηριότητες που διεξάγονται εντός ή εκτός των χώρων του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και στις οποίες είναι επιστημονικά υπεύθυνος μέλος του εκπαιδευτικού και ερευνητικού (μόνιμου ή συνεργαζόμενου) προσωπικού του.